Der eine oder andere Bewohner von Ísafjörður wird nicht wenig erschrocken sein, als am 4. Juni 1928 ein Flugzeug namens „Súlan“ (Basstölpel) im Fjord auftauchte und nördlich des Eyri an der Prestabugt auf dem Wasser landete. Mit derselben Maschine erfolgte einen Monat später der erste Passagierflug in die Westfjorde. 1938 wurde in Akureyri eine Fluggesellschaft gegründet, aus der später Flugfélag Íslands/Air Iceland hervorging. In den folgenden Jahren gab es nur unregelmäßigen Flugverkehr zwischen Reykjavík und Ísafjörður, bis 1945 eine Linienflugverbindung mit dem Catalina-Flugboot aufgenommen wurde. Jedoch bereits 1944 hatte die Fluggesellschaft Loftleiðir eine feste Linienverbindung nach Ísafjörður mit dem Stinson-Wasserflugzeug und später mit dem Grumman-Amphibienflugzeug eingerichtet. Die Wasserflugzeuge landeten in der Regel auf dem inneren Fjord und legten am Ufer an der Hafnarstræti an, sodass die Passagiere direkt aussteigen konnten. Andernfalls wurden sie zum Landungssteg Bæjarbryggja ausgebootet.

Im Herbst 1960 wurde der Flugplatz auf der Sandbank Skipeyri im Skutulsfjörður eingeweiht, der bis heute in Betrieb ist. Ab 1970 bediente die Fluggesellschaft Ernir von Ísafjörður aus kleine Flugplätze am Djúp sowie diverse Ortschaften in den Westfjorden und war für die Krankentransporte zuständig. Regelmäßige Verbindungen gab es außerdem nach Þingeyri, nachdem um 1960 dort eine Piste angelegt worden war. Heute verkehrt nur Flugfélag Íslands zwischen Ísafjörður und Reykjavík.